Урината на пациентите е нормална и инфекцията не е основната причина за фиброза на стената на пикочния мехур. Някои учени смятат, че причината е лимфна обструкция, причинена от тазова операция или инфекция, но много пациенти нямат такава история. Други учени предполагат, че това се дължи на тромбофлебит, придружен от остра инфекция на пикочния мехур или тазовите органи, или поради дългосрочен -спазъм на малките артерии, причинен от психически стрес, и може също да е свързано с ендокринни фактори. Обширни доказателства сочат, че интерстициалният цистит е автоимунно колагеново заболяване. Ролята на мастоцитите и аминокиселинните гликозиди на повърхността на пикочния мехур при интерстициалния цистит привлече вниманието и някои изследователи в момента провеждат проучвания в тази област.
Пациентите често изпитват дългосрочно прогресивно често уриниране, позиви за уриниране и никтурия. Болката в супрапубисната област е значителна, когато пикочният мехур е пълен, а понякога може да се появи и уретрална и перинеална болка, която се облекчава след уриниране. Понякога може да се появи хематурия, която е по-изразена, когато пикочният мехур е препълнен и раздут. Някои пациенти може да имат анамнеза за алергични заболявания.
